Đào tạo sau đại học là một trong các nhiệm vụ của Viện Nghiên Cứu Phát Triển Nhân Lực Đông Nam Á. Cùng với sự phát triển nhà trường, đào tạo sau đại học ngày càng phát triển về số lượng và chất lượng, khẳng định ưu thế vượt trội bởi số chuyên ngành đào tạo ở nhiều bậc học.

Các học viên sau khi tốt nghiệp đã trở thành các hạt nhân ở các cơ sở y tế, đã và đang đảm nhiệm các vị trí quan trọng trong quản lý và chuyên môn của ngành y tế ở các tỉnh, thành phố phía Nam, là lực lượng rất lớn đóng góp vào sự phát triển của ngành y tế, nâng cao chất lượng phục vụ, chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân.  Viện Nghiên Cứu Phát Triển Nhân Lực Đông Nam Á không ngừng đổi mới, phát huy thế mạnh đào tạo – nghiên cứu khoa học – chuyển giao công nghệ, cung cấp nguồn nhân lực chất lượng cao, chuyên sâu cho hệ thống y tế ở khu vực phía Nam.