Về chuyên ngành đào tạo, bậc đào tạo đại học với 14 ngành chính quy như sau: Y khoa, Dược học, Răng Hàm Mặt, Y học cổ truyền, Y tế công cộng, Y học dự phòng, Điều dưỡng, Điều dưỡng chuyên ngành Hộ sinh, Điều dưỡng chuyên ngành Gây mê hồi sức, Dinh dưỡng, Kỹ thuật Xét nghiệm Y học, Kỹ thuật hình ảnh Y học, Kỹ thuật phục hình răng, Kỹ thuật Phục hồi chức năng,.

Các bác sĩ, dược sĩ, cử nhân y tế sau khi tốt nghiệp đều đạt các mục tiêu đào tạo của trường, được trang bị đầy đủ kiến thức cơ bản, thành thạo hệ thống kỹ năng nghề nghiệp cơ bản. Viện Nghiên Cứu Phát Triển Nhân Lực Đông Nam Á không ngừng đổi mới chương trình đào tạo và phương pháp dạy học. Chương trình mới chú trọng vào việc phát triển kiến thức tích hợp, kỹ năng và thái độ của người học ngay từ khi còn ngồi trên ghế nhà trường. Các kỹ năng như chăm sóc người bệnh, kỹ năng giao tiếp và cộng tác, đồng cảm với người bệnh, lấy người bệnh làm trung tâm; nắm vững luật y tế và chính sách y tế trong chăm sóc người bệnh. Phương pháp dạy – học lấy sinh viên làm trung tâm nhằm phát huy tối đa khả năng tư duy, suy nghĩ độc lập, tổng hợp kiến thức, giải quyết vấn đề, thực hành thành thạo các kỹ năng, đạt được thái độ tốt trong học tập, làm việc nhóm, giao tiếp với bệnh nhân và đồng nghiệp, tiến tới khả năng tự học suốt đời.